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（一）将以前年度未扣缴税款的企业缴费累计额按所属纳税年度分别计算每一职工应补缴税款，在此基础上汇总计算企业应扣缴税款合计数。
（二）在计算应补缴税款时，首先应按照每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定职工个人适用税率，然后按照规定计算个人实际应补缴税款。
1.职工月平均工资额的计算公式：
职工月平均工资额=当年企业为每一职工据以计算缴纳年金费用的工资合计数÷企业实际缴纳年金费用的月份数
上式工资合计数不包括未计提企业年金的奖金、津补贴等。
2.职工个人应补缴税款的计算公式：
纳税年度内每一职工应补缴税款=当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率－速算扣除数
上式计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。
3.企业应补扣缴个人所得税合计数计算公式：
企业应补扣缴税额=∑各纳税年度企业应补扣缴税额
各纳税年度企业应补扣缴税额=∑纳税年度内每一职工应补缴税款。
【举例说明】2011年3月份，税务机关在检查中发现，甲某所在的企业2010年1月份建立了年金制度，但企业为甲某所缴纳的年金均未扣缴其个人所得税，其中甲某2010年1月至12月的企业为其计算缴纳年金费用的工资合计数为78000元，企业为其缴纳年金合计为3120元；2011年1月至2月的企业为其计算缴纳年金费用的工资合计数为20000元，企业为其一次性缴纳本年两个月的年金为800元；上述年度企业均未扣缴企业缴费部分个人所得税。计算甲某年金应补缴的个人所得税。
【解析】先计算甲某2010年月平均工资额：78000÷12=6500，6500-2000=4500元，应适用个人所得税税率：15%，速算扣除数125，企业为甲某缴纳的2010年度企业年金3120元应补缴个人所得税=3120×15%-125=343（元）。甲某2011年月平均工资额：20000÷2=10000，10000-2000=8000（元），应适用个人所得税税率：20%，速算扣除数375，企业为甲某缴纳的2011年度企业年金800元应补缴个人所得税=800×20%-375=-215小于0元，那其适用税率则调整为5%，据此计算老王缴纳的2011年度企业年金800元应补缴税款=800×5%=40（元）。那甲某2010年1月到2011年2月取得的年金应补缴税款=343+40=383（元）。
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